E. coli adalah bakteri yang hidup di dalam usus manusia untuk menjaga kesehatan sistem pencernaan. Pemeriksaan E. coli menjadi indikator kebersihan pangan dan air karena mengindikasikan apakah pangan/ air tersebut tercemar kotoran manusia. Selain itu terdapat strain patogen E. coli (diantaranya Enterohemorrhagic E. coli) yang dapat mengakibatkan kasus diare berat karena endotoksin yang dihasilkannya. Pemeriksaan E.coli dikerjakan pada sampel:

Air Bersih,

Air minum,

Pangan,

Pakan

dan Sampel lingkungan

Coliform merupakan mikroba indikator, yang keberadaannya mengindikasikan adanya bakteri patogen lain. Karena itu pengujian coliform digunakan sebagai kualitas, kontaminasi dan status higienitas pangan dan air minum/ air bersih. Coliform dikerjakan pada sampel:

Air Bersih,

Air minum,

Pangan,

Pakan

dan Sampel lingkungan

Fungsi pemeriksaan Total Plate Count (TPC) adalah untuk menunjukkan jumlah mikroba dalam suatu produk, dan bermanfaat untuk menunjukkan kualitas, kontaminasi, dan status higienitas produk pada saat proses produksi. Pemeriksaan ini dilakukan pada alat makan (swab), alat masak (swab), produk pangan dan juga pakan.

Yeast & Moulds (YM) atau disebut juga Angka Kapang Khamir dilakukan untuk memastikan kualitas pangan dan bahan pangan yang rawan ditumbuhi kapang dan khamir. Bahan pangan yang diperiksa diantaranya tepung-tepungan; serealia dan olahannya; roti dan produk bakeri; rempah, bumbu dan kondimen; teh dan kopi bubuk; kembang gula/ permen dan juga cokelat.

Bacillus cereus adalah patogen penyebab penyakit terkait makanan yang dapat memproduksi toksin yang menyebabkan gangguan pencernaan seperti diare, kejang (kram) perut, dan muntah. Bahan pangan yang diperiksa diantaranya serealia dan produk serealia, akar dan umbi, kacang-kacangan, herba dan rempah, bumbu dan kondimen, formula untuk keperluan medis khusus bagi bayi.

Staphyloccus aureus merupakan bakteri patogen yang mengakibatkan infeksi kulit, penyakit bakteremia (sepsis), dan osteomielitis (infeksi pada tulang). Bahan pangan yang diperiksa diantaranya produk-produk susu dan analognya, buah yang dimasak, sayur dan rumput laut yang dimasak, pasta dan mie, serelia dan produk serelia yang merupakan produk turunan dari biji serelia, akar dan umbi, kacang-kacangan

Kelompok bakteri Enterobacteriaceae adalah bakteri gram negatif berbentuk batang yang memiliki habitat natural di manusia dan hewan. Bakteri ini hidup pada suasana fakultatif anaerob maupun aerob. Genus yang termasuk Enterobacteriaceae adalah Eschericia, Shigella, Salmonella, Enterobacter, Citrobacter, Klesbiella, Serratia, Proteus, Erwina, Yersinia. Enterobacteriaceae dapat ditemukan di berbagai tempat, mulai dari bahan pangan mentah hingga di lingkungan/ area pengolahan sebagai kontrol kebersihan. 

Salmonella merupakan bakteri penyebab penyakit terkait makanan. Gejalanya antara lain sakit perut, diare, demam, nyeri dan kram di perut. Bahan yang diperiksa diantaranya susu, daging, telur dan olahannya

Listeria merupakan bakteri patogen yang menyebabkan penyakit terkait makanan dengan gejala antara lain mual, diare, demam, menggigil, nyeri otot, sakit kepala, hilang keseimbangan, linglung, hingga kejang. Bahan yang diperiksa diantaranya keju, produk olahan daging, ikan dan produk perikanan termasuk moluska, produk-produk telur.

Penggunaan Bahan Tambahan Pangan diatur oleh pemerintah. Penggunaannya dibutuhkan dalam proses pengolahan makanan untuk menghasilkan makanan yang lebih menarik dari segi rasa, warna, tekstur maupun daya tahan. Tetapi beberapa BTP tidak boleh melewati kadar yang diperbolehkan untuk meminimalisir dampak kesehatan yang ditimbulkannya. Pemeriksaan ini dilakukan untuk mengetahui kadar BTP yang ada dalam pangan, untuk memastikan pangan tersebut aman dan sesuai dengan peraturan pemerintah. BTP yang kadarnya diperiksa pada makanan antara lain:

• Pemanis buatan: Acesulfam, Sakarin, Aspartam
• Pewarna: Alurared (Pewarna merah), Tartrazine (Pewarna kuning)
• Pengawet: Asam Benzoat

Histamin dianggap sebagai penyebab utama keracunan makanan dari ikan. Histamin terbentuk melalui dekomposisi bakteri penghasil dekarboksilase dari asam amino histidin bebas setelah ikan mati dan akan meningkat jika ikan terlalu lama berada pada suhu kamar. Pemeriksaan histamin diperlukan untuk memastikan bahan pangan (ikan) aman, dikonsumsi, tidak menyebabkan keracunan, dan juga menjadi indikator kualitas kesegaran ikan. Bahan pangan yang diperiksa kadar histaminnya adalah ikan segar terutama dari kelompok Scromboidae (tuna, tongkol, Makarel, Mahi-mahi), Clupeidae (Sarden), Scombresocidae, Pomatomidae, Coryphaenedae.

Cemaran logam berat dapat mencemari makanan secara alami maupun dalam proses pengolahannya. Jika tertelan, dalam kadar tertentu dapat berdampak bagi kesehatan tubuh maupun menyebabkan keracunan hingga kematian. Karena itu kadar cemaran yang diperbolehkan diatur oleh pemerintah (BPOM). Cemaran logam berat yang diperiksa dalam makanan antara lain Merkuri (Hg), Kadmium (Cd), Timbal (Pb),  Arsen (As), Timah (Sn)

Pemeriksaan etanol dilakukan untuk mengukur kadar alkohol dalam makanan atau minuman untuk memastikan klaim halal atau untuk pengkategorian minuman alkohol dari BPOM. 
Sedangkan pemeriksaan metanol mengukur kadar methyl alkohol dalam makanan atau minuman. Methanol merupakan hasil samping dari proses fermentasi dalam pembuatan minuman beralkohol dan bersifat toksik bagi tubuh bahkan dalam kadar kecil.

Kafein adalah senyawa alkaloid alami yang ada dalam kopi, teh, cola, coklat dan banyak produk makanan lainnya. Kafein memberikan efek stimulasi pada otak dan diuretik. Memberiksan assurance kepada pelanggan mengenai kualitas produk (terutama untuk produk decaf maupun rendah kafein); memberikan informasi kepada pelanggan mengenai konsumsi harian yang aman.

Informasi nilai gizi (ING) adalah daftar kandungan zat gizi pangan pada label pangan sesuai dengan format yang dibakukan. Analisis nilai gizi akan memberikan informasi tentang nilai gizi dari suatu produk, diantaranya energi total, karbohidrat, lemak total, protein, kadar gula, natrium maupun vitamin dan mineral.